《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。 慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。
公元1900年8月，八国联军攻占北京，慈禧太后携光绪帝逃亡。慈禧将前来迎驾的天镇县尹鲁永连升三级，收为己用。慈禧等人一路西行所为皆被报社记者贾午、李春立跟踪。陕西巡抚韩雨轩在三秦班听戏，纠缠当红花旦斯
负伤逃匿的靖仁深夜被追兵围堵，幸得留洋归来的陈然所救。鲁永奉慈禧之命来到西安，韩雨轩一面命人准备迎接慈禧和光绪帝等人，一面与当地富豪陈家乐阴谋联姻，为韩素云与陈骏定下婚事。面对慈禧和光绪帝的到来，西安
在山神庙处，靖仁，陈然，贾午，李春立四人巧遇，偷听到光绪帝与四格格的一番对话。靖仁，陈然，贾午，李春立逃出山神庙冲出追兵的围堵，驾车而去。西安方面，斯琴无视三秦班众人对迎接皇驾的紧张，陷入痛苦的回忆。
等待儿子归家的陈家乐观看三秦班演出，回忆起陈然与斯琴的感情纠葛。四格格在山神庙险被大阿哥强暴，被贾午，李春立等救下。大阿哥被苍鹰帮的一群匪众绑架。四格格被陈然等送回十字沟，此时马帮突袭，混战中四格格将
逃出苍鹰帮的围劫之后，陈然载着慈禧等来到一处破庙落脚。陈骏带领家丁和素云前来寻找弟弟陈然，途中，素云与陈骏因婚事大吵而分散。素云只身夜行山中。苍鹰帮劫持了大阿哥割下其手指前来勒索朝廷，慈禧派陈然和鲁永
陈然来到苍鹰帮拿出白条以代银两，并且以其父陈家乐的财势做保，方才救出大阿哥。众人迎接大阿哥归来，慈禧面露悦色，十分欣赏陈然的胆识。一行人整装待发，陈然汽车没了汽油，慈禧等人只好先行离去。无法前行的陈然