《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。 2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中…… 市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道…… 同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案...
深夜，港商郑天京正在打手机被人砸死，杀人者匆忙将郑和手机一起埋在世纪工程工地。谁知郑未死，下意识连连播出重播键，直到凌晨才气绝身亡。清晨刑警接到报警赶来调查，遭到工地经理吴大志、工头路三的百般阻挠。市
工头路三偷偷向老板张伟报信，被刑警依蔓抓住，经理吴大志连忙上前打圆场。刘英杰为钓大鱼，命令依蔓放了路三。刑警在尸体手中发现一个手机，上面有死者死亡之前打出的几个电话，都是一个人——张伟的妹妹张丽。刑警
埋尸之人正是张伟手下，但张丽对此却不知情。张伟忙着找人灭火，并且把埋尸人都打发走。市公安局长陆中天召集刘英杰等人开会，限期侦破此案。刘队妻子和儿子刘小童，赶到市局探望，却见不到刘队。
重案组副组长夏彤正在休假，与未婚妻亚妮忙着拍订婚照，闻讯发生大案连忙赶回市局。亚妮对此很是不满。吴大志参与埋尸，偷拍了一盒录像带，叫妻子张小英收起来，准备在张伟害自己时自救用。他向张伟摸底，张伟自恃背
亚妮登门向夏彤发难，夏彤百般无奈。律师徐百川趁机向亚妮求婚，亚妮说自己爱的是夏彤。夏彤向亚妮道歉，取得了原谅。张伟接受记者采访，神魂颠倒的张丽突然冲进闹场，质问张伟是不是杀了郑天京。张伟否认。张伟的死
小童不敢象妈妈说明，只好逃学在外。张丽在街上惊恐不安，打电话象姚晃求救，姚晃立即赶去安慰。夏彤、依蔓、于飞飞向吴大志调查，吴忐忑不安。刘队到张伟公司调查，张伟谈笑风生，滴水不漏，张丽则悄悄向姚晃透露了