神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
竹内顺子 中村千绘 森川智之 筱原惠美 伊仓一惠 松本保典 井上和彦 江原正士 关俊彦 杉山纪彰 日野聪 森久保祥太郎 伊藤健太郎 柚木凉香 鸟海浩辅 水树奈奈 川田绅司 增川洋一 远近孝一 田村由香里 胜生真沙子 根本圭子 福田信昭 中村大树 藤生圣子 石川英郎 飞田展男 川本克彦 檀臣幸 寺杣昌纪 土师孝也 中博史 樱井敏治 朝仓荣介 松本忍 宫下典子 织部由香里 大塚芳忠 玄田哲章 内田直哉
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高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 林原惠美 绪方贤一 岩居由希子 高木涉 大谷育江 松井菜樱子 榎本充希子 高岛雅罗 百百麻子 岸野幸正 飞田展男 茶风林 井上和彦 汤屋敦子 千叶一伸 富永美伊奈 川岛得爱 浦山迅 中友子 私市淳 志村知幸 鸟海胜美 冈村明美 西前忠久 利根健太朗 庄司宇芽香 川原庆久 安村直树 诸国沙代子 博多大吉 上户彩 古谷彻