《枪花》叙事风格独特，全剧近60个特工任务紧密相连，每集执行一个任务，每十集讲述一个完整的故事，全剧共三个故事单元——金钱暴计划、玉碎计划、风船计划。
第一单元故事——伪钞案
日本启动了“金钱暴”伪钞经济战方案，妄图摧毁中国经济，先是发行伪钞，进而印制真钞。樊露和茜茜二人临危受命，与赌博高手、退役特工、日本黑帮，自认奇货可居的掮客、铁血的天皇特使等形形色色的人等一路周旋较量……
第二单元故事——玉碎计划
日方决定在中国制造一起骇人听闻的“玉碎”计划。玉碎计划的终极目标是用“樱花式自杀飞机”携带“核炸弹”毁掉上海。樊露和茜茜从争夺一架意外坠毁的日本小型飞机开始，发现了日本人在策划更大的恐怖活动，制造铀与炸药结合的“脏弹”，并在上海遍布了120个爆炸点……
第三单元故事——风船计划
美国落基山脉突发森林火灾，疑为日本人利用随季风飘过太平洋的热气球进行破坏，美情报人员请求中国方面提供协助调查。很快，查到日本军部刚刚制定了针对中国的“风船计划”。在一步步险象环生的侦查后，樊露和茜茜发现“风船计划”并不仅是飘向中国的热气球——“空飘细菌炸弹”，还包括了“人”——所有参加舞后大赛的选手都将被注入毒株，成为名符其实的“流动细菌”活体，利用巡演将病毒传播到亚洲各处。更令人胆战的是，“风船”计划背后还藏着更加可怕巨大的战略阴谋……